违法养殖的处罚措施主要包括以下几种情形：
在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
拒不停止违法行为的，处3万元以上10万元以下的罚款；
报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场、养殖小区
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
处10万元以上50万元以下的罚款；
报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。
未依法进行环境影响评价
由有权审批该项目环境影响评价文件的环境保护主管部门责令停止建设，限期补办手续；
逾期不补办手续的，处5万元以上20万元以下的罚款。
未建设污染防治配套设施或自行建设的配套设施不合格
由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止生产或者使用；
可以处10万元以下的罚款。
排放畜禽养殖废弃物不符合国家或地方规定的污染物排放标准或总量控制指标
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
根据情节轻重，可处不同金额的罚款。
未经无害化处理直接向环境排放畜禽养殖废弃物
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
根据情节轻重，可处不同金额的罚款。
非法饲养保护动物
由县级以上人民政府野生动物保护主管部门没收野生动物及其制品，并处野生动物及其制品价值一倍以上五倍以下的罚款。
非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物
处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；
情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；
情节特别严重的，处十年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
违反狩猎法规，在禁猎区、禁猎期或者使用禁用的工具、方法进行狩猎
破坏野生动物资源，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
未取得合法审批或通过虚构事实、隐瞒真相的行为获取有关部门批准，擅自占用土地用作养殖场地
由自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，拆除非法占用土地上的建筑物及其他设施，恢复土地原状；
可能面临罚款等处罚；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
建议养殖者严格遵守相关法律法规，合法合规经营，以免受到严厉处罚。