养殖公司在缴税方面需要遵循以下流程和规定：
增值税
养殖公司在购买和销售牲口时需要缴纳增值税。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。
如果养殖公司所售牲口的销售额中包含个人的代售款项，代售所得还需交纳个人所得税。
企业所得税
养殖场需要缴纳企业所得税，根据《人民共和国企业所得税法实施条例》，养殖场的企业所得税是减半征收的。
规模化畜禽养殖场是指经当地农业、工商等行政主管部门批准，具有法人资格的养猪、奶牛、蛋鸡、肉鸡的养殖场，可能享受更多的税收优惠。
其他税种
养殖场还需要缴纳环保税、耕地占用税、房产税和车船使用税等。
如果养殖场有进出口货物，还需交关税。
缴税流程
养殖公司应当在工商行政管理部门进行登记，并向当地税务部门申请纳税人登记。
农业公司需要了解自己应当缴纳的税种，如增值税、企业所得税、个人所得税等，以及税率和缴税周期等相关信息。
根据当地税务部门要求，农业公司需按照规定时间和方式缴纳税款，可以通过线上或线下方式缴纳税款。
农业公司应当按照规定时间向当地税务部门进行报税申报，报税申报内容包括纳税人的纳税情况、税种、税率、缴纳金额等相关信息。
当地税务部门有权对纳税人进行税务审计，如发现农业公司存在未缴税款等问题，将会接受相应的税务处罚。
建议
养殖公司在缴税前应详细了解相关税收政策，确保合法合规经营。
可以咨询当地税务部门或聘请专业税务顾问，获取更详细的指导和帮助。
注意保留相关凭证和资料，以便在税务审计时能够提供必要的证明材料。