在农村申请耕地用于养殖的流程如下：
了解政策与规划
向当地的国土部门、农业部门或乡镇政府了解所在区域的养殖规划、禁养区、限养区等相关信息，确保所选地址符合规定。
选址规划
根据了解到的信息，选择合适的土地作为养殖场的建设地点。尽量选择地势较高、排水良好、通风透气、远离居民区且交通相对便利的地方，同时要考虑水、电等基础设施的接入条件。
办理土地流转合同
如果所选土地不是自己的承包地，需要与土地所有者（一般是村集体）签订土地流转合同，明确土地的使用期限、用途、租金等事项。
申请设施农用地备案
向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，同时提供土地流转合同、养殖场的建设方案（包括平面图、布局图等）等材料。乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。
办理农业用地转建设用地审批（如有必要）
如果养殖场建设需要建设永久性建筑，如办公用房、饲料仓库等，且占用的土地属于非设施农用地范畴，那么需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳相应的使用费和造地费。
环境影响评价（环评手续）
到当地的环保部门咨询养殖场项目的环评要求，并领取建设项目环境保护审批咨询表。提交材料并按照要求填写咨询表，同时准备好养殖场的建设方案、地理位置图、周边环境情况等相关材料，一并提交给环保部门。
办理相关许可证
在自然资源局办理土地使用证相关信息，在畜牧局办理养殖许可证等相关信息，在工商所办理营业执照，在卫生疾控防疫部门办理动物卫生防疫许可证。
办理工商登记
养殖户取得营业执照后，需要到畜牧局办理养殖场备案登记手续。
确保符合所有法规
在整个申请过程中，务必确保养殖项目符合环保法规、卫生标准等多方面的要求。
通过以上步骤，您可以完成耕地申请养殖的流程。请注意，不同地区的具体政策和流程可能有所不同，建议提前咨询当地相关部门获取详细信息。