宏基因组学（metagenomics），也称为元基因组学，是一门 研究特定生境中整个微生物群落的学科。它采用高通量测序技术，获取环境微生物的基因组信息总和，以研究微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。
宏基因组学的主要特点包括：
研究对象：
特定生境中的整个微生物群落，包括可培养的和未可培养的微生物。
研究方法：
通过高通量测序技术，直接从环境样品中提取全部微生物的DNA，构建宏基因组文库，并进行功能基因筛选和测序分析。
研究目的：
揭示微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系。
技术优势：
能够无偏好地获得样本群体中所有微生物成员的基因信息，弥补了传统微生物学方法依赖于培养的克隆培养物的局限性。
宏基因组学在微生物资源开发利用、加速微生态科研深度研究等方面具有重要应用价值。随着高通量测序技术的不断普及，越来越多的研究人员开始涉足宏基因组分析，以揭示更多未知的微生物物种和功能。