工程增值税的税率根据纳税人种类及选择的不同计税方法而有所区别：
一般纳税人
选择一般计税方法时，适用增值税税率为9%。
选择简易计税方法时，征收率为3%。
小规模纳税人
无论选择一般计税方法还是简易计税方法，征收率均为3%。
此外，还需注意以下特殊情况：
对于选择简易计税方法且《建筑施工许可证》规定或合同约定开工日期在2016年4月30日之前的老项目，可以选择按照3%的征收率开具增值税专用发票或增值税普通发票。
自2023年1月1日至2027年12月31日，增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税；适用3%预征率的预缴增值税项目，减按1%预征率预缴增值税。
综上所述，工程增值税的税率根据纳税人种类及选择的不同计税方法，分别为9%和3%。建议在实际应用中根据具体情况和合同条款确定适用的税率。