水蚤养殖中的分离方法主要包括以下步骤：
使用筛子进行分离
选择合适的筛网：根据捕捞时使用的网规格及所需水蚤的大小，选择合适规格的筛网。例如，探究酒精或烟草浸出液对水蚤心率的影响时，一般选取60目或80目筛网。
操作方法：将水样倒入筛网中，并在筛网下放置一个接水的容器。然后，从上到下按40目、60目、80目、120目的顺序摞起筛网，使水样通过筛网。不同规格的筛网会分离出不同大小的水蚤。例如，40目筛网分离出最大的水蚤，60目筛网分离出中等大小的水蚤，80目筛网分离出较小的水蚤。
处理死亡的水蚤及其他水生动物
观察与分离：在双目解剖镜下观察水样，发现死亡的水蚤及其他水生动物后，可以用胶头滴管吸出并移到其他水体中，以保证分离出的水蚤个体基本一致。
纯化水蚤
初次筛选：将分离后的水蚤放入用双层200目绢筛过滤后的原水蚤生活的新鲜水体中，以备实验所用或长期培养。
适应与筛选：将所分离纯化的水蚤先养在一般稍大的容器中，以原水质试养数天，使其适应实验室条件。然后淘汰不适于在实验室作培养的种类和个体，挑选出生殖周期短、繁殖量大、能经受实验室小水体生活的强壮个体，特别是选择一些常年能在实验室条件下培养的种类，以便长期培养。
通过以上步骤，可以有效地从水样中分离出水蚤，并进行纯化，为后续的实验或养殖提供所需的水蚤种群。