活水养殖中的消毒方法主要包括物理消毒法、生物消毒法和化学消毒法。
物理消毒法
循环利用水体：通过循环利用水体的方式，减少用水量和排放量，避免对养殖环境造成二次污染。
生物消毒法
使用滤食性生物：例如，在海水养殖中使用贝藻类等滤食性生物吸收和降解水体中的有机物和无机盐，同时释放氧气；在淡水养殖中使用鲢鳙鱼等滤食性鱼类吃掉水体中的浮游生物和悬浮颗粒物，同时排出粪便。
植物吸收：使用一些植物如吸收水体中的氮磷等营养元素，并通过光合作用释放氧气。
化学消毒法
生石灰：加水后生成氢氧化钙，呈碱性，pH值达11~12，同时释放出大量热能，可杀灭野杂鱼、鱼卵、虾蟹类、昆虫、致病细菌、病毒等。一般用于放养前清塘，每亩用量为100~200千克，失效时间为7~8天；在养殖期间，用于升高塘水pH值，使水体提升1个pH单位的用量为10毫克/升。
漂白粉：和水发生反应形成次氯酸，具有杀菌作用，但需控制好用量，每亩用量为20-30千克。
清塘灵：高效清塘产品，可以消灭野杂鱼、寄生虫以及桡足类，使用前需先稀释2000倍，然后全池泼洒，清塘10-15天后需试水。
双氧水（过氧化氢）：高浓度双氧水可以喷雾全池，喷透至发泡滴水为止，然后再用清水喷雾清洗药水，再浸入流水中十分钟。
高锰酸钾：可以灭杀虾蟹体表上的寄生虫和细菌，使用时需控制浓度和浸浴时间。
碘伏和苯扎溴铵：用于运输工具消毒。
硫酸铜：可用于浸浴工具或水体消毒，但需注意使用剂量和时间，避免对水生生物造成刺激。
高聚碘：用于预防寄生虫类疾病，浓度50mg/L，浸浴10~15分钟。
食盐：用于苗种消毒，浓度在3%~5%，浸浴10~15分钟，可预防烂鳃病、指环虫等。
建议
选择合适的消毒剂：根据养殖环境和需求选择合适的消毒剂，避免对水生生物和水生态环境造成不良影响。
控制用药量：严格按照使用说明控制消毒剂的使用量，避免超量使用导致应激和中毒。
定期消毒：定期进行水体消毒，特别是在疾病流行季节和放苗前后，确保养殖水体清洁安全。
生物与化学消毒结合：可以结合物理、生物和化学消毒方法，形成综合消毒体系，提高消毒效果。