林下养殖的申请流程包括以下几个步骤：
申请林地使用权
首先需要向林业部门申请林地使用权。
办理土地使用相关手续
到土管和规划部门办理土地使用的相关手续。
办理环保手续
需要到环保局办理环评手续，包括排污许可证和动物防疫条件合格证。
办理工商登记
凭工商部门的《核名通知书》，到县级畜牧兽医管理部门办理《动物防疫条件合格证》，并进行登记备案。然后去工商部门办理《营业执照》。
办理其他相关证件
到税务部门和技术监督部门分别办理《税务登记证》和《机构代码证》。
在取得营业执照后，需要到畜牧局办理养殖用地备案登记手续。
备案和审批
将养殖场、养殖小区的名称、养殖地址、畜禽品种和养殖规模向当地县级人民政府畜牧兽医行政主管部门备案，取得畜禽标识代码。
遵守法律法规
在整个申请过程中，需要了解并遵守相关的法律法规，包括林地使用、保护以及相关政策。
建议：
在申请过程中，建议详细咨询当地相关部门，了解具体的政策和所需材料，确保所有手续和证件都能按时完成。
由于政策和管理安排的变更，办理手续时可能会有所不同，建议在申请前通过官方渠道或当地林业和畜牧部门获取最新的指导和要求。