养殖公司在交税方面需要遵循以下规定和流程：
增值税
养殖公司销售自产农产品是免征增值税的。
如果养殖公司销售非自产农产品或提供应税服务，则需要按照《增值税暂行条例》的相关规定缴纳增值税，一般按月或按季度进行申报和缴纳。
企业所得税
根据《企业所得税法》及其实施条例，养殖业的企业所得税是减半征收的。
具体税率根据企业规模和其他因素而定，一般企业所得税的税率为25%，减半后即为12.5%。
个人所得税
如果养殖公司所售牲口的销售额中包含个人的代售款项，代售所得需要交纳个人所得税。
其他税种
养殖公司还需要缴纳环保税、耕地占用税、关税等。
根据当地政策，可能还需要缴纳房产税、土地使用税、车船使用税等。
缴税流程
养殖公司应当在工商行政管理部门进行登记，并向当地税务部门申请纳税人登记。
了解需要缴纳的税种、税率和缴税周期等相关信息。
按照当地税务部门要求，通过线上或线下方式缴纳税款。
按时向当地税务部门进行报税申报，内容包括纳税情况、税种、税率、缴纳金额等。
遵守税务审计规定，如存在未缴税款等问题，将会接受相应的税务处罚。
建议
养殖公司在日常经营中应注重税务合规，及时与税务部门沟通，确保合法享受税收优惠政策。
对于销售自产农产品，应充分利用免税政策，减少税负。
对于非自产农产品的销售和服务，应严格按照相关税法规定申报和缴纳增值税。
保持良好的财务记录和税务申报，以应对可能的税务审计。