工资6000元在扣除个人所得税的起征点5000元后，剩余1000元按照3%的税率计算税额，因此应缴纳的个人所得税为 30元。
具体的计算过程如下：
确定应纳税所得额
工资收入为6000元
个税起征点为5000元
应纳税所得额 = 6000元 - 5000元 = 1000元
应用税率和速算扣除数
适用税率为3%
速算扣除数为0元（因为应纳税所得额未超过3600元）
应纳个人所得税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数 = 1000元 × 3% - 0元 = 30元
因此，工资6000元在扣除个人所得税后，实际到手工资为6000元 - 30元 = 5970元。