养殖申请备案的流程如下：
提交申请
企业向所在地海关提交《出口水产品原料养殖场备案申请表》，并附上质量管理体系文件、追溯体系文件、生物安全措施文件及营业执照等证明材料。
资料审核
海关对提交的申请材料进行审核，确保信息的真实性与完整性。
现场核查
海关组织专家对养殖场进行现场核查，通过实地查看、询问交流等方式，评估其管理体系与措施的执行情况。
备案决定
根据现场核查结果，海关将作出是否予以备案的决定，并通知企业。予以备案的，将颁发备案证明，并在海关总署官方网站上公布备案信息。
此外，如果是农村养殖场，还需要向当地乡镇政府进行备案，并提供一系列材料，包括设施农业用地备案申请表、农业设施建设方案、用地协议、土地流转合同以及身份明晰的身份证明材料等。
建议：
企业在申请备案前，应仔细准备所有必要的文件和证明材料，确保材料的真实性和完整性。
提前与当地海关或乡镇政府联系，了解具体的申请流程和要求，以确保申请过程顺利。