协议过户的摩托车进行年审的流程通常包括以下几个步骤：
准备材料
摩托车所有人的身份证原件和复印件；
摩托车行驶证原件；
摩托车交通事故责任强制保险（交强险）保单原件；
若摩托车涉及海关监管，则需要《中华人民共和国海关监管车辆解除监管证明书》或海关批准的转让证明原件。
办理流程
到原注册车管所开具车辆年检委托通知书，同意委托异地车管所进行年检；
携带上述材料到指定的车辆检测现场进行报名与检验；
领取并填写《机动车查验记录表》和《机动车验证申请表》；
摩托车通过验车后，更改行驶证信息，并缴纳相应的年检费用；
年检合格后，部分信息将通过网络传回原注册车管所。
注意事项
若摩托车超过6年，可能需要进行上线检测；
办理异地审车委托书时，车主可以委托他人代办并邮寄回所在地；
年审时可能需要支付一定的费用，具体金额根据地区和政策可能有所不同。
请根据当地车辆管理所的具体要求和流程进行操作，因为不同地区可能存在细微差别。