将新房二楼改成独立下水道的流程如下：
封堵原管道
使用专业的管道封堵材料将原先的下水管道完全堵住，确保密封性良好，防止污水泄漏。
开凿孔洞
小心地撬开卫生间的瓷砖，在合适的位置凿开一个洞，洞的大小应根据新管道的直径进行精确测量与开凿。
铺设新管道
将新的管道从洞中穿过，延伸至下水道主管道，并使用密封胶或防水胶带做好连接处的密封处理，杜绝漏水现象。
安装U型弯
在卫生间下面安装U型弯的管道，避免下水回流和产生异味。
恢复瓷砖表面
完成管道铺设后，重新铺贴卫生间瓷砖，确保瓷砖覆盖洞口，使卫生间恢复原有外观。
灌水检查
安装完成后，进行灌水检查，确保下水道通畅无漏水现象。
征得物业和开发商同意
在施工前，需要征得物业和开发商的同意，确保改造计划符合规定。
断水
施工前要断水，切断原先排水与总管的连接，并封住原先的总管连接。
施工安全
确保施工安全，避免出现漏水或下水道堵塞等问题，施工过程中最好有专业人员在场指导。
通过以上步骤，可以完成新房二楼独立下水道的改造。建议在施工过程中严格按照步骤操作，并在每一步完成后进行检查，确保改造质量。