网箱养殖的申请流程如下：
办理水产养殖证
申请人需要提供身份证、承包合同等资料的复印件。
填写申请表。
将所有资料递交到当地的渔政部门进行审批。
环境影响评估
根据2015年6月1日起执行的新的《建设项目环境影响评价分类管理名录》规定，淡水养殖工程类网箱、围网等投饵养殖涉及环境敏感区的是需要编制环评报告表的。
申请人需要拿着发改委的立项文件以及可研报告去找环评公司，环评公司会派人到养殖场地进行现场勘查，并编制环评报告。
编写完毕后，将环评报告交给当地环保局环评科进行审批，审批通过后出具环评批复文件。
其他可能需要的手续
如果养殖规模较大，可能需要申请国家补助，才需要去相关畜牧部门办理。
建议：
在申请过程中，确保所有文件齐全、真实，并按照当地渔政部门的要求进行递交和审批。
对于环境影响评估，建议提前与环评公司进行充分沟通，确保环评报告的质量和通过率。