养殖公司可能面临的处罚主要包括以下几种情形：
违反养殖污染防治条例
在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，拒不停止违法行为的，处3万元以上10万元以下的罚款，并报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场、养殖小区的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处10万元以上50万元以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。
无证养殖
对于无证养殖场，处罚包括责令停止违法行为、没收违法所得，如触犯刑律则追究刑事责任。在法律无明确规定时，工商部门可处1万元以下罚款，并依据《无证无照经营查处办法》维护市场秩序。
造成环境污染
违反有关动植物防疫、检疫的国家规定，引起重大动植物疫情的，或者有引起重大动植物疫情危险，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
畜禽规模养殖和定点屠宰活动造成水环境污染的，分别由环境保护行政主管部门和水产畜牧兽医部门责令停止违法行为，处以五千元以上二万元以下罚款；畜禽非规模养殖活动造成水环境污染的，由水产畜牧兽医部门责令停止违法行为，处以两千元以上二万元以下罚款；向水体丢弃动物尸体和动物产品的，由水产畜牧兽医部门责令无害化处理，所需处理费用由违法行为人承担，可处以三千元以下罚款。
从事畜禽规模养殖未按照国家有关规定收集、贮存、处置畜禽粪便，造成环境污染的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令限期改正，可以处五万元以下的罚款。
违反动物防疫、检疫的国家规定
经营者从省外调入动物、动物产品未按照规定备案的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款。
未建立养殖档案
未建立养殖档案的行为违反了《中华人民共和国畜牧法》相关规定，可处以3000元以下罚款。
一般污染行为
根据《环境保护法》第三十五条规定，拒绝环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门现场检查或者在被检查时弄虚作假的，给予警告或者处以罚款。
建议养殖公司严格遵守相关法律法规，加强环保意识，确保养殖活动合法合规，避免因违法行为而受到处罚。