全勤奖通常作为奖金存在，在工资单中应单独列出，不能与基本工资一起扣除。以下是全勤奖扣除的常见情况：
1. 如果员工在当月没有出现任何迟到、早退、请假或旷工，公司会给予全勤奖。
2. 如果员工在当月无论请事假还是病假（不计时），将扣除本月100%的全勤奖。
3. 如果员工在当月旷工一次，也会扣除100%的全勤奖。
4. 如果员工不服从安排、怠工、息工或擅自离岗影响工作正常进行，也会扣除本月全勤奖。
需要注意的是，全勤奖是公司内部设立的奖励制度，具体要求和支付标准可能因公司而异。此外，根据《中华人民共和国劳动法》，国家鼓励和保护劳动者进行科学研究、技术革新和发明创造，并表彰和奖励劳动模范和先进工作者。