在离婚时，有两个孩子的抚养权分配通常遵循以下原则：
协商一致：
父母双方可以协商决定每个孩子的抚养权归属。
法院判决：
如果协商不成，法院会根据孩子的年龄、性别、双方的经济状况、抚养能力、孩子的意愿等因素，以及最有利于孩子健康成长的原则来判决。
哺乳期内的孩子：
通常由母亲抚养，除非母亲存在特殊情况，如严重疾病等，孩子也可以随父亲生活。
两周岁以上的孩子：
法院会考虑双方的具体情况，包括抚养能力和条件，以及有利于孩子健康成长的原则来裁决。
八周岁以上的孩子：
法院会尊重孩子的真实意愿，但并非孩子可以随意选择。
抚养费：
不直接抚养孩子的一方通常需要支付抚养费，具体数额根据当地生活水平、孩子的实际需要等因素确定。
共抚养或轮流抚养：
父母也可以选择共同抚养或轮流抚养孩子，以保障孩子与双方父母的联系和成长环境。
特殊情况：
如果一方无法履行抚养义务，或者孩子年龄较大且有特殊需求，法院可能会作出相应的调整。
需要注意的是，以上信息基于中国法律的相关规定，不同地区可能存在细微差别。具体情况还需结合当地法律和法院的实际判决。