显微镜使用的染色方法主要根据观察对象和目的的不同而有所选择。以下是一些常见的染色方法及其用途：
革兰氏染色法：
这是细菌学中重要的鉴别染色法，用于区分革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。染色步骤包括初染、媒染、脱色和复染，使用的染料包括结晶紫、碘液和番红等。
抗酸染色法：
用于染色抗酸杆菌，如结核杆菌，这种细菌具有抗酸性，能抵抗酸性染料的染色，因此需要使用抗酸染色法进行区分。
美兰染色法：
用于观察细胞内的某些结构，如神经细胞和肌肉细胞中的尼氏体。
甲基绿和吡罗红染色：
用于观察DNA和RNA在细胞中的分布，甲基绿对DNA亲和力强，使DNA呈现绿色，而吡罗红对RNA亲和力强，使RNA呈现红色。
苏丹三或苏丹四染色：
用于脂肪的染色，使脂肪呈现橘黄色或红色。
健那绿染色：
用于线粒体的活性染色，线粒体在健那绿染色下呈现蓝绿色，而细胞质则几乎无色。
碱性染料染色：
如龙胆紫溶液和醋酸洋红溶液，用于染色染色体，这些染料在酸性环境中呈碱性，能与染色体中的蛋白质结合，使其呈现深色。
负染色法：
使用黑色染料（如苯胺黑）进行染色，使背景暗淡，而标本本身明亮，常用于观察细菌菌体或孢子等。
荧光染色：
使用荧光染料对样品进行染色，通过荧光显微镜观察，可以显示细胞内的各种成分，如DNA、RNA及核酸粘多糖，具有高检出能力和低细胞刺激性。
根据具体的观察对象和需求，可以选择合适的染色方法，以便更清晰地观察和鉴定细胞结构。