流动床制粒技术虽然具有许多优点，如高传质效率、床层内颗粒的充分混合和反应速率的提高等，但它也存在一些缺点，主要包括以下几点：
设备磨损严重：
在流动床中，颗粒在湍动过程中会受到磨损，导致颗粒变小，从而影响反应器的效率和寿命。
生产放大问题：
设计流动床制粒系统时，需要考虑防堵塞、曝气方法、进水配水系统的选用以及生物颗粒流失等问题，这些问题在工业规模应用时可能会带来挑战。
气流状况不均：
在流动床中，气流往往以气泡形式通过床层，导致气-固两相接触不够有效，影响反应速率和转化率。此外，气泡的存在还可能导致颗粒的返混，增加副反应的发生。
颗粒运动全混式：
流动床中的颗粒运动基本是全混式的，导致停留时间不一致，影响反应的均匀性和效率。同时，粒子的全混也会造成气体的部分返混，进一步影响反应速率和副反应的增加。
颗粒磨损和带出：
颗粒在流动床中的磨损和带出不仅会导致催化剂的损失，还需要额外的旋风分离器等颗粒回收系统，增加了操作复杂性和成本。
操作条件要求高：
例如，在使用顶喷流化床时，喷嘴的位置会影响喷雾均匀性和物料的湿润程度，需要精确控制以确保粒径分布均匀和物料充分湿润。
综上所述，流动床制粒技术在应用时需要综合考虑其优缺点，并采取相应的措施来优化操作条件，以提高系统的整体性能。