网箱养殖的收税方式主要涉及以下几个方面：
海域使用金
海上网箱养殖按网箱占用水面面积计征，每年每平方米2元。
沿海当地渔村从事滩涂、浅海养殖业并以此为主要生计的渔民养殖用海，经当地农村集体经济组织或者村民委员会确认，县级以上海洋与渔业行政主管部门审核，报县级人民政府同意后，暂时免缴海域使用金。
企业所得税
企业从事海水养殖、内陆养殖项目的所得，可以减半征收企业所得税。
淡水养殖（包括水库、池塘、网箱养鱼等淡水产品）收入中，所需要缴纳的税率为10%。
增值税
农业生产者销售的自产农产品免征增值税。
养鱼网箱安装为个人服务企业行为，对纳税人取得的全部收入征收增值税，不征收营业税。
其他税费
养殖场需要交企业所得税、环保税。
如果有进出口货物，也需交关税。
如果养殖场占用耕地，也需交耕地占用税，一次性缴纳。
建议
对于海上网箱养殖：主要关注海域使用金的缴纳，符合条件的渔民养殖用海可以暂时免缴海域使用金。
对于企业养殖项目：可以享受企业所得税减半征收的优惠政策，但需注意淡水养殖收入需缴纳10%的税率。
对于个人服务企业：养鱼网箱安装收入需缴纳增值税，不提供建筑业劳务收入则不征收营业税。
对于综合养殖场：需综合考虑企业所得税、环保税、关税和耕地占用税等各类税种的缴纳情况。
建议在实际操作中，咨询当地税务部门或专业税务顾问，以确保合规并充分利用相关税收优惠政策。