天然石材中的小孔可能是由以下几种原因形成的：
晶体结构和孔隙
石材在形成过程中，其中的矿物质会呈现出晶体结构，这些晶体结构之间可能存在微小的孔隙。这些孔隙可能是由于岩石性质不均匀所形成的空隙，或者是微小的气泡。
地质作用
地壳中的地震、火山喷发、地面沉降等地质作用会对石材造成巨大的压力和挤压力，从而在石材中形成裂缝和洞穴。特别是在火山喷发的过程中，熔岩从地下渗透到地上并迅速冷却硬化，可能会产生一些气泡，这些气泡会在石材中形成洞。
地下水侵蚀
地下水在长时间的作用下，可以通过侵蚀和溶解作用溶解掉一些矿物质，从而形成一些空洞。地下水渗透到岩层中时，会与其中的某些矿物质发生化学反应，将其溶解或析出，并随着地下水的流动带走。这种溶解作用通常在含有可溶性岩石或矿物质的地层中发生，从而导致石材形成洞穴。
化学侵蚀
石材在形成过程中可能会遇到一些化学侵蚀，例如含有酸性物质的地下水或海水对石材的侵蚀，也会形成小孔。
生物作用
在某些情况下，生物活动也可能导致石材形成小孔。例如，硅化木是由古代树木被埋入地下后，经过长时间的硅质交代作用而形成的，其表面会有许多小孔，这些小孔是树木细胞被硅质替代后留下的遗迹。
物理作用
石材在形成过程中可能会受到气泡、水流等因素的影响，这些物理作用也会在石材中形成小孔。
综上所述，天然石材中的小孔可能是由多种原因共同作用形成的，包括晶体结构、地质作用、地下水侵蚀、化学侵蚀、生物作用和物理作用等。这些小孔的存在可能会影响石材的使用寿命和美观度，但在某些情况下，也可以被用于建筑设计和装饰。