作废发票的处理应当遵循以下步骤和原则：
妥善保管
作废发票应单独存放，并做好登记记录，以便日后查阅和管理。
发票的所有联次应当保管好，并按月装订成册。
及时收回与登记
对于已经开具的发票，如果需要作废，应当立即收回发票实体，并在发票上注明“作废”字样。
在开票登记表或发票制证簿中填写“作废”字样，不需重新登记发票号码，以认定其已登记入账，视同已废除。
作废原因与申请
如果发票作废的原因属于发票开具错误、发票遗失、发票被窃等，需要填写《发票作废申请书》，并向授权的税务机关申请批准。
保存与销毁
发票开具方和发票使用方应当保存并妥善存放作废发票的原件和复印件，并确保这些文件可以被查验。
根据相关法律法规，企业可以定期对作废发票进行集中销毁，销毁方式可以选择碎纸机粉碎或专业机构销毁等，确保发票信息无法恢复。
特殊规定与报备
部分行业或地区可能对作废发票的保存期限有特殊要求，企业应咨询当地税务机关，了解具体规定，并按规定期限保留作废发票备查。
作废发票在有效期限内，不得在税务机关系统上报送登记。
账务处理
如果发票已经入账但后续确认为作废，需要对已经入账的发票进行冲销处理，并在账务记录中清楚地说明此次发票作废的原因和事由。
与作废发票相关的支付或收款凭证也需要相应地进行冲销处理，并更新所有相关账务记录。
发票管理系统
使用可靠的发票管理系统来跟踪、审核和记录发票的状态和变更，以便更好地管理作废发票情况。
培训与意识提高
为财务人员和相关岗位提供培训，增强其对发票管理和账务处理的专业知识和意识。
审计和复核
定期进行内部审计和复核程序，以确保账务操作符合内部控制要求和法律法规的规定。
通过以上步骤和措施，可以确保作废发票得到妥善处理，既符合法规要求，又能保障企业财务管理的规范性和安全性。