养殖甲鱼时，防护工作主要包括以下几个方面：
选择健康的种苗
选择裙边厚实、体型健壮、背甲有光泽、反应灵敏的品种。在投放前，要用消毒剂对池塘进行消毒，避免存在有害物质。
水质管理
甲鱼喜欢生长在干净的水质中，养殖过程中应每隔一周更换一次水，换水量为全池水量的四分之一。定期向池塘中泼洒生石灰，将pH值保持在7.5-8之间。
保持水质微碱性，PH值要求在7.5-8.0，盐度要求在1.5‰以下，温度要保持相对稳定。透明度以30-35厘米为宜，水色为黄绿色或黄褐色。溶氧量尽量保持在4毫克/升以上。
使用有益微生物制剂培养水质，提高水体的稳定性和自净能力。一般可用EM菌、芽孢杆菌、硝化细菌、产酶益生素等来降低水中的氨氮、亚硝酸盐的含量，有效分解底层有机质和其它有害物质。
防逃措施
加强巡查，及时发现逃跑迹象。养殖设施应建造高出地面50厘米的围墙，顶部压沿内伸15厘米，围墙和压沿内壁应涂抹光滑，并搞好进、排水口防逃设施。
饲料与饲养管理
饲料应选择信誉和质量过硬厂家生产的全价配合饲料，保证饲料新鲜不变质，颗粒大小适宜。控制调整好投饲量，每天的投饲量主要根据鳖的摄食情况和天气、温度及水质变化而定。
在稚鳖阶段，重点预防白点病、白斑病、毛菌病、纤毛虫病、腐皮病、爱德华氏菌病等。在幼、成鳖阶段，重点预防疥疮、穿孔病、脱肛、肝坏死等疾病。
定期在饲料中交替添加产酶益生素、维生素C、强生素、免疫多糖、氟苯尼考及福乐兴、草本鳖宝、病毒星等中草药制剂，以增强甲鱼的免疫力。
疾病防治
根据甲鱼不同生长阶段的发病特点与日常观察，进行有针对性的预防。平时每隔20天左右消毒一次，消毒药物有生石灰、溴氯制剂、三氯异氰尿酸钠等安全环保药物，交替消毒。
在初夏等季节，特别注意预防水霉病和肠炎等疾病，控制水质和饲料量，适当添加一些增强体质及肠道功能的药物。
环境管理
避免阳光暴晒，夏季要加深水位，并搭建遮阳棚。在特定的季节，由于气温和水温的影响，一些特定病原菌会滋生，应特别注意预防。
防止中毒，养鳖稻田不要施用农药。实行多品种混养，保持水体生物多样性，是一种十分有效的预防方法。
通过以上综合措施，可以有效防护甲鱼在养殖过程中免受疾病和环境因素的影响，确保甲鱼健康成长。