申请农田养殖的流程如下：
了解政策与规划
向当地的国土部门、农业部门或乡镇政府了解所在区域的养殖规划、禁养区、限养区等相关信息，确保所选地址符合规定。
了解耕地的种类及其使用规定，特别是永久基本农田的使用限制。
初步选址
根据了解到的信息，选择合适的土地作为养殖场的建设地点。
尽量选择地势较高、排水良好、通风透气、远离居民区且交通相对便利的地方，同时要考虑水、电等基础设施的接入条件。
办理相关手续
土地手续：
签订土地流转合同：如果所选土地不是自己的承包地，需要与土地所有者（一般是村集体）签订土地流转合同，明确土地的使用期限、用途、租金等事项。
申请设施农用地备案：向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，同时提供土地流转合同、养殖场的建设方案（包括平面图、布局图等）等材料。乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。
办理农业用地转建设用地审批（如有必要）：如果养殖场建设需要建设永久性建筑，且占用的土地属于非设施农用地范畴，那么需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳相应的使用费和造地费。
环保手续：
养殖项目属于易造成环境污染的项目，需要办理环境影响评价（环评）手续，并获得《动物防疫条件合格证》。
根据当地环保要求，可能需要配备相应的污染防治设施。
提交申请
向当地乡镇政府提交养殖用地申请，并提供必要的材料，如养殖计划、土地使用协议、设施农业用地建设方案等。
乡镇政府会组织人员到申请地块进行现场勘查，确保符合养殖用地的要求。
审批与备案
乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。
如果涉及改变土地用途，还需进行严格的备案，且不得对永久基本农田造成影响。
开工建设
一切手续办妥后，可以开始建设养殖场。
建设过程中需遵守环保、防疫等相关规定。
后期管理
养殖场建成后，需定期进行环保和动物防疫检查，确保符合相关规定。
建议：
在申请过程中，与当地相关部门保持密切沟通，确保所有手续和材料符合要求。
尽量选择合适的土地，避免占用基本农田或敏感区域，以减少审批难度和后续风险。