连锁店交税的方式主要取决于其经营模式和税务法规。以下是几种常见的交税方式：
统一申报缴纳增值税
对于跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，并在总部领导下统一经营的企业，可以按照国内贸易部《连锁店经营管理规范意见》的要求，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营。符合条件的，总店和分店可以实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。
独立核算门店分别申报缴纳增值税
对于自愿连锁企业，即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标、商号、经营技术及销售总部开发商品的特许权，其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
中央工厂和连锁门店分别计算和缴纳税款
中央工厂需要按照国家税法规定，计算和缴纳企业所得税、增值税、个人所得税等税种。其中，企业所得税是根据企业利润计算的，增值税是根据销售额和进项税额计算的，个人所得税是根据员工工资和薪金所得计算的。
连锁门店需要按照国家税法规定，计算和缴纳增值税、营业税、城市维护建设税等税种。其中，增值税是根据销售额和进项税额计算的，营业税是根据销售额计算的，城市维护建设税是根据销售额和营业税计算的。
便利店税收
便利店主要有两种税收：增值税和个人所得税。增值税一般需要缴纳，但月销售额不超过15万元，季度销售额不超过45万元的便利店，增值税可以享受免征优惠。个人所得税方面，便利店通常会采取核定征收的方式报税。
其他税种
转让无形资产所有权或使用权的业务活动应按照“其他权益性无形资产”缴纳增值税。
建议
连锁店应根据自身的经营模式和税务法规，选择合适的交税方式，确保合法合规经营。
对于跨地区经营的直营连锁企业，建议总店和分店分别向各自所在地的主管税务机关申报缴纳增值税，以保证税收的公平性和合理性。
便利店等小型零售企业可以根据自身情况选择合适的税收优惠政策，降低税负。