日本菖蒲的养殖方法如下：
繁殖方式
根茎繁殖：春季挖出根茎，选带有须根和叶片的小根茎作种，按行株距30cm×15cm穴栽，每穴栽2-3株，栽后盖土压紧。在生长期注意拔除根部杂草，松土和浇水，切忌干旱，并追施人粪尿2次，以氮肥为主，适当增加磷钾肥。
分株繁殖：在早春（清明前后）或生长期内进行，将地下茎挖出，洗干净，去除老根、茎及枯叶，再用快刀将地下茎切成若干块状，每块保留3~4个新芽，进行繁殖。分株时要保持好嫩叶及芽、新生根。
种子繁殖：将收集到成熟红色的浆果清洗干净，在室内进行秋播，保持潮湿的土壤或浅水，在20℃左右的条件下，早春会陆续发芽，后进行分离培养，待苗生长健壮时，可移栽定植。但种子较少，且繁殖过程较为麻烦。
田间管理
栽植深度：栽植的深度以保持主芽接近泥面，同时灌水1~3cm。
浇水管理：在生长季节保持水位或潮湿，施追肥2~3次，并结合施肥除草。初期以氮肥为主，抽穗开花前应以施磷肥钾肥为主。
施肥管理：每月施一次液肥，以氮肥为主，抽穗开花前增施磷肥和钾肥。
环境控制
光照管理：菖蒲喜欢阴凉环境，害怕暴晒。在养护期间，不应将菖蒲放在太阳下暴晒，也不能让其接触直射的阳光。夏季高温时，应提供适当的遮阴。
温度控制：菖蒲最适宜的生长温度为20-25℃，温度低于10℃会影响植株生长。比较耐寒，一般不需要特殊措施过冬。
土壤选择
土壤配制：选用富含腐殖质的沙壤土，具有良好的透气和排水性。可加入适量的粗砂，提高其排水性。也可用腐殖土、泥炭土、菜园土等，并加入适量的基肥。
修剪与换盆
修剪：及时剪除衰老枝、徒长枝、过密枝，使株形美观。冬季应修剪枯叶，避免叶子腐烂影响根部健康。
换盆：每2年换一次盆，最好在春季或秋季进行，此时温度适宜，换盆后植株容易成活。
水培
水质选择：最好用河水或井水，若用自来水，必须提前接好，晾晒两三天再用。
水位管理：水培期间要经常换水，保证水质干净，水位不可过高，以免根部腐烂。
通过以上步骤，可以有效地养殖日本菖蒲，使其健康生长。