恶意克扣工资是一种违法行为，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与用人单位协商
首先，可以尝试与用人单位负责人沟通，了解克扣工资的原因，并尝试私下调解解决问题。
申请调解
如果协商无果，可以向当地的劳动纠纷调解委员会或具有劳动争议调解职能的组织申请调解。
投诉举报
可以向劳动监察大队或劳动保障部门投诉举报，拨打当地12345市民热线或劳动保障部门电话进行举报。
申请仲裁
如果调解不成，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，可以在拿到仲裁书起15天内向人民法院提起诉讼。
法律途径
在仲裁或诉讼过程中，如果劳动行政部门责令用人单位支付工资而用人单位仍不支付，可以要求加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
收集证据
劳动者应收集相关证据，如打卡记录、工资条等，以证明自己的工作时间和收入情况，为后续的投诉、举报或诉讼做好准备。
咨询专业人士
如果有条件，可以咨询懂法的律师或朋友，获取更专业的法律建议。根据当地情况，也可以尝试通过协商解决争议。
通过以上步骤，劳动者可以有效地维护自己的合法权益，确保得到应得的工资报酬。