养殖公司在农村征地需要遵循以下流程：
用地申请
养殖者需持设施农用地建设方案及用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。
乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘。
畜牧部门审核
畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求。
符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。
政府审批
经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地。
经国土部门会同相关部门初验符合设计要求的，国土部门向经营者颁发设施农用地备案通知书，计划养殖者方准建设附属设施用地。
土地复耕协议
养殖者需签订土地复耕协议，报国土局审查备案。
农用地转建设用地审批
如果养殖用地建设了永久性建筑，则还需要办理农业用地转为建设用地的审批手续，同时需根据规定缴纳相应的使用费和造地费。
征地公告与补偿
征用土地方案应当在被征用土地所在的村、组内以书面形式公告。
区县国土房管局根据征用土地方案和征地补偿登记情况，拟定征地补偿、安置方案，并进行公告。
补偿安置的实施，区县国土房管局应当依照征地补偿、安置费方案向被征用土地的农村集体经济组织和农民支付土地补偿费、地上附着物和青苗补偿费。
法律依据
养殖用地的规划布局和选址应坚持鼓励利用废弃地和荒山荒坡等未利用地，尽可能不占或少占耕地原则，禁止占用基本农田。
征收农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》第四十四条的规定先行办理农用地转用审批。
以上流程需严格按照相关法律法规和政策执行，确保养殖用地的合法合规使用。