养殖公司在缴税方面需要遵循以下流程和规定：
纳税登记
养殖公司应在工商行政管理部门进行登记，并向当地税务部门申请纳税人登记。
了解税种
养殖公司需要了解自己应当缴纳的税种，包括增值税、企业所得税、个人所得税等，以及税率和缴税周期等相关信息。
增值税
农业生产者销售的自产农产品免征增值税。自产农产品一般指初级农业产品，如生猪、鸡蛋等。
养殖行业产出的生猪、活禽、鸡蛋等销售免征增值税，但深加工产品如猪肉脯不属于免税范围，需要缴纳增值税。
养殖企业主要销售自产农产品，免征增值税。日常业务中偶尔产生的应税产品销售额不大时，按实际销售金额缴纳增值税。
企业所得税
养殖行业一般免征企业所得税，但具体政策可能因地区和具体业务而异。
个人所得税
如果养殖公司所售牲口的销售额中包含个人的代售款项，代售所得需交纳个人所得税。
其他税种
养殖公司可能还需缴纳环保税、耕地占用税、房产税和土地使用税等。
印花税方面主要是实收资本要缴纳，以及公司与公司之间的买卖合同要缴纳。
报税申报
养殖公司应按月或按季度进行增值税申报，并缴纳相应的税款。
农业公司需按照规定时间和方式缴纳税款，可以通过线上或线下方式缴纳税款。
进入电子税务局，找到相关税种后进行填写申报表，并录入相关数据。
税务审计
当地税务部门有权对纳税人进行税务审计，如发现未缴税款等问题，将会接受相应的税务处罚。
建议
养殖公司在日常经营中应严格遵守相关税收法规，确保合规性。
对于具体的税收优惠政策，建议咨询当地税务局，以充分利用政策优势。
定期进行税务申报和审计，及时发现和解决潜在的税务问题。