处理药品回扣问题需要从多个方面入手，包括法律手段、监管措施以及医疗机构内部的自律机制。以下是具体的处理方式：
法律手段
刑事责任：药品回扣金额达到三万元以上时，相关人员需承担刑事责任。具体处罚依据《中华人民共和国刑法》相关条款，受贿数额较大的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或没收财产；数额特别巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
民事赔偿：医疗机构和医务人员因收受回扣给患者造成损失的，应当承担民事赔偿责任。
监管措施
卫生行政部门：药品生产企业、药品经营企业或其代理人给予医疗机构的负责人、药品采购人员、医师等人员的财物或其他利益，由卫生行政部门或本单位给予处分，没收违法所得。
纪检监察部门：医疗机构应设立纪检监察室，负责监督医务人员的药品回扣行为，对收受回扣的人员进行严肃处理，并追缴违法所得。
医疗机构内部自律
制度建设：医疗机构应制定严格的反腐倡廉制度，明确禁止医务人员收受药品回扣，并设立举报机制，鼓励员工举报违规行为。
教育培训：定期对医务人员进行法律法规和职业道德培训，增强其法律意识和职业操守。
其他措施
药品零差价政策：医院或医疗机构在销售药品时不得加价赚取差价，从而消除通过药品差价进行回扣的可能。
药占比控制：限制药品费用在医院总收入中的比例，减少医生过度开药的冲动，进而减少药品回扣的空间。
监控软件：应用电子监控系统记录医生的处方行为和药品流通信息，及时发现异常模式，防止不正当的药品推销行为。
通过上述措施的综合施行，可以有效打击药品回扣现象，维护医疗行业的正常秩序和患者的合法权益。