计算加班工资的基数应当遵循以下原则：
劳动合同约定优先
如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，则应按照该约定执行。
正常工作时间工资
如果劳动合同中没有明确约定加班工资的计算基数，或者约定不明确，则应以劳动者正常工作时间应得的工资作为计算基数。这包括计时工资、计件工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。
实际发放工资
如果用人单位与劳动者实际发放的工资标准高于原约定工资标准，可以视为双方变更了合同约定的工资标准，应以实际发放的工资标准作为计算加班费的基数。
如果实际发放的工资标准低于合同约定的工资标准，能够认定为双方变更了合同约定的工资标准的，以实际发放的工资标准作为计算加班费的基数。
最低工资标准
按上述原则确定的加班工资基数均不得低于当地月最低工资标准。
工资组成
加班工资的计算基数应包括基本工资、岗位津贴等所有工资项目，不能以基本工资、岗位工资或职务工资单独一项作为计算基数。
奖金、津贴、补贴等货币性收入都应包含在加班工资的计算基数中。
特殊情况
如果工资系打包支付，或双方形式上约定的“正常工作时间工资”标准明显不合理，或有证据证明用人单位恶意将本应计入正常工作时间工资的项目归入非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目中，以达到减少正常工作时间工资数额计算目的的，可参考实际收入*70%的标准进行适当调整。
法律依据
《劳动法》第四十四条规定了加班工资的计算标准，加班工资的计算基数应为劳动者正常工作时间工资。
《工资支付暂行规定》和《上海市企业工资支付办法》对加班工资的计算基数也有明确规定。
综上所述，计算加班工资的基数主要依据劳动合同中的约定，实际发放的工资标准，以及当地最低工资标准。在具体操作中，应综合考虑劳动者的实际收入情况、工资组成及双方的约定，确保加班工资的合法性和公平性。