在鸡养殖中，杀菌是确保鸡群健康的重要环节。以下是一些常用的杀菌方法：
火焰消毒
使用汽油或柴油产生的高温射流火焰对地面和笼子的表面进行燃烧，以杀灭细菌和卵。这种方法适用于金属器具和墙面的地面，但工作时间较长。
紫外线消毒
通过打开紫外线灯产生紫外线，可以杀死细菌和病毒。适用于鸡场出入口消毒室，紫外线灯应安装在屋子顶端，间距路面2米，消毒杀菌直射时间为10~15分钟。
喷雾消毒
定期喷洒高效消毒液，杀灭室内空气和笼体表面的病原微生物。喷雾还可以减少空气中的灰尘，增加湿度和降低温度。这是最常见的消毒方式。
浸泡消毒
用于养鸡用的塑料制品，如饲料、饮水机等，将鸡接触到的物体进行冷温消毒，清除表层物体。这种方法主要用于表面清洁。
熏蒸消毒
适用于空屋和入鸡舍前的净化消毒。可以使用甲醛、福尔马林溶液和高锰酸钾溶液混合后熏蒸。具体方法是：将高锰酸钾溶解在水中，然后均分在若干搪瓷容器内，均匀摆布在舍内，再将甲醛倒入盛有高锰酸钾溶液的容器内，封闭门窗，并留意维护工作人员。
煮沸消毒
将金属器械、玻璃用具、工作服等放入锅内煮沸20~30分钟，待自然冷却后使用。这种方法简单有效，适用于各种用具的消毒。
阳光消毒
将笼具等物品清洗后在阳光下曝晒，利用太阳光谱中的紫外线杀菌。这种方法适用于不适合用煮沸法消毒的用具，如鸡筐、鸡笼等。
食醋消毒
取食醋100~150克，加水200~300克，放入瓷碗中，关闭门窗后在鸡舍内小火慢蒸，可预防鸡呼吸道传染病。
石灰消毒
用生石灰配成10%~20%的悬液，喷洒在鸡舍、地面、围墙等处，可以净化鸡舍环境。另外，将生石灰撒在鸡舍入口处，每隔1~2天撒一次水，也有一定消毒效果。
酒精消毒
对鸡体新鲜外伤，可用净布蘸取酒精或高度白酒擦拭，防止感染。
苯酚消毒
常用的酚制剂为复合酚，含有苯酚和醋酸，有特臭，对细菌、霉菌、病毒及寄生虫卵有杀灭作用，主要用于鸡场环境消毒。
二氯异氰尿酸钠
配制后用于带鸡喷雾消毒，按1∶500倍稀释，30毫升/立方米，密闭10分钟；饮水防治鸡白痢、大肠杆菌、球虫病，1∶3000~1∶4000，每天饮水一次；控制鸡新城疫、法氏囊病、禽霍乱等烈性传染病，每天带鸡喷雾消毒一次（50毫升/立方米），同时饮水。
在进行鸡舍消毒时，应确保消毒药与病原充分接触，并注意有效消毒时间。建议在消毒前打扫鸡舍，将污物彻底清除，然后进行喷雾消毒，最后进行熏蒸消毒以确保全面消毒效果。同时，消毒人员应佩戴防护用品，避免药物刺激。