补发工资的扣税方法如下：
合并计算税款
补发的工资应与原来的月工资合并计算应缴个人所得税。
减除费用
工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，每月收入额减除费用三千五百元后的余额为应纳税所得额。
如果涉及境外所得或特定人群（如外籍人员、华侨和香港、澳门、台湾同胞），则每月还可附加减除费用3200元。
适用税率和速算扣除数
根据应纳税所得额，按照3%至45%的九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
具体的适用税率和速算扣除数应根据相关税法规定确定。
扣除已缴纳的个人所得税
在计算应补缴的税款时，应扣除已缴纳的个人所得税。
申报和缴纳
补发工资的个人所得税应由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
示例计算
假设某人某月补发工资为5000元，该月原工资为6000元，费用减除额为3500元，已缴纳个人所得税为100元。
合并计算应纳税所得额
应纳税所得额 = （5000元 + 6000元） - 3500元 = 7500元
计算应纳个人所得税
应纳个人所得税 = 7500元 × 10% - 210元 = 540元
扣除已缴纳的个人所得税
应补缴的税款 = 540元 - 100元 = 440元
因此，该人应补缴的个人所得税为440元。
建议：
单位在补发员工工资时，应严格按照上述规定计算税款，并及时向税务机关申报和缴纳。
员工也应仔细核对自己的工资单，确保个人所得税计算正确。