当C1驾照被扣12分时，驾驶人需要按照以下步骤处理：
扣留驾驶证
公安机关交通管理部门会扣留驾驶人的C1驾驶证。
参加道路交通安全学习
驾驶人在十五日内需要到机动车驾驶证核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
参加科目一考试
学习结束后，车辆管理所在二十日内会对驾驶人进行道路交通安全法律、法规和相关知识的考试。考试合格的，记分予以清除，并发还机动车驾驶证；考试不合格的，驾驶人需要继续参加学习和考试。
拒不参加学习或考试的后果
如果驾驶人拒不参加学习或考试，公安机关交通管理部门会公告其机动车驾驶证停止使用。
其他注意事项
对于大型客车、重型牵引挂车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶人，学习时间需要为期三十天。
如果驾驶证在实习期被扣超过12分，会被注销实习期的准驾车型驾驶资格，需要重新报名考取驾驶证。
建议驾驶人尽快按照相关规定完成学习和考试，以免影响驾驶证的正常使用。