海藻肥料的养殖方法主要包括以下几种：
育苗
将海藻微生物肥料拌入育秧土中堆置3天，再装入育苗盘或营养钵中。由于温湿度条件较好，微生物繁殖生长较易，肥料用量可比田间基肥小一些。
基肥（底肥）
海藻微生物肥料用量少，单施不易施匀，且覆土前易受阳光照射影响效果。因此，建议将海藻微生物肥料与有机肥按1:500~1:500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3~5天，中间翻堆一次后施用。也可以直接将1kg海藻微生物肥料拌30~50kg稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后起垄覆土。在水田或旱田中，可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，避免长时间暴晒。
种肥
在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用海藻微生物肥料做种肥。可以刨掩后将拌有细土的海藻微生物肥料施于掩中，再点种；机播时可将拌有细土或有机肥的海藻微生物肥料放入施肥箱中，使开沟、施肥、播种、覆土、镇压等作业一次性完成。注意与化肥分开使用。
拌种
将种子表面用水喷湿，然后将种子放入海藻微生物肥料中搅拌，使种子表面均匀粘满肥料，然后在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要将种子放置在阳光下暴晒，也不要放置时间过长。
水质和光照
海藻生活在矿物质丰富的海水中，淡水中含有的矿物质不适合海藻生长。因此，养殖海藻的水质要选择矿物质丰富的水源。同时，光照要充足，可以使用卤素灯增加光照，给海藻更好的光照环境。
肥料选择
肥水培藻可以选择复合肥、生物肥、化肥等。常用的肥料有多效肥水先锋、硅藻先锋等，这些肥料富含多种氨基酸和微量元素，分子小易吸收，肥水快，肥力可持续15—20天。
施肥量和频率
控制施肥量，避免过量施肥。一般来说，春季和夏季是肥水培藻的最佳时期，要根据养殖生物的生长阶段和需求，确定施肥的频率。喷施浓度要合适，一般大中量元素使用浓度在500倍至600倍，微量元素铁、锰、锌的使用浓度在500倍至1000倍。喷施时间要适宜，最好在傍晚无风的天气进行，保持叶片湿润时间在30分钟至60分钟。
叶面施肥
叶面施肥时，雾滴要细小，喷施均匀，尤其要注意喷洒生长旺盛的上部叶片和叶的背面。喷施次数不应过少，应有间隔，一般不少于2至3次，间隔期至少应在一周以上。
通过以上方法，可以有效利用海藻肥料促进海藻的生长，提高养殖效果。