公司往来款的做账方法如下：
收取款项
确定款项来源。
根据协议安排收款时间。
核实款项
收到款项后，核销现金或其他有效凭证。
记录账号和金额等信息。
记账
将收支双方的金额、账号等信息准确记入账簿。
确认发票
如果款项由客户发票引起，需确认发票正确性。
报税
根据协议支付款项后，缴纳相关税收。
结案
收付款工作完成后，账务结清，款项归类，汇总账务结果，准备发票。
具体会计分录示例：
采购时发生的往来账
借：原材料（或其他相关科目）
应交税费——应交增值税——进项税
贷：应付账款
销售货物时发生的往来账
借：应收账款（或其他相关科目）
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税——销项税
预先收到客户的货款
借：银行存款（或其他相关科目）
贷：预收账款
预先支付供应商的货款
借：预付账款
贷：银行存款（或其他相关科目）
支付给员工备用金
借：其他应收款
贷：银行存款（或其他相关科目）
收到临时往来款
借：银行存款（或其他相关科目）
贷：其他应付款
公司内部往来款
公司内部出借方：
借：其他应收款——某某单位或个人
贷：银行存款等科目
公司内部借入方：
借：银行存款等科目
贷：其他应付款——某某单位或个人
往来款项清理后的账务处理
收回款项：
借：银行存款
贷：应收账款
确认坏账损失：
直接转销法：
借：营业外支出
贷：应收账款
备抵法：
冲减已计提的坏账准备
借：坏账准备
贷：应收账款
这些步骤和分录示例可以帮助企业准确处理公司往来款的账务，确保财务记录的准确性和合规性。