办理港澳通行证签注的方法如下：
网上办理
申请人可以登录“国家移民管理局政务服务平台”进行在线申请，填写相关信息并选择受理公安机关，最后提交审核即可。
自助签注机办理
申请人可以前往就近的公安机关出入境管理窗口，在自助签注机上办理签注。
现场申请
申请人可以前往公安机关出入境管理窗口，提交填写完整的签注申请表、本人居民身份证原件及复印件、有效的港澳通行证等材料，进行现场申请。
办理所需材料
本人有效的港澳通行证
本人身份证原件及复印件
户口簿原件及复印件（未满16周岁只需提交户口簿）
近期符合《中华人民共和国出入境证件数字相片技术要求》标准的制证相片一张
如果是首次申请，则无需提交照片回执；若已持有有效通行证，则需提交照片回执
登记备案的国家工作人员、军人等需提交相关单位的意见或证明
办理时限
网上申请的办证时限为7个工作日（不含速递时间）
现场办理的时限为15个工作日
办理费用
工本费100元
签注费：1次有效20元，2次有效40元
拍照和快递费用大概50元左右
注意事项
签注的有效期一般为1年，可以在有效期内多次使用
申请人可以根据自己的需求选择签注类型，如个人旅游、团队旅游、探亲等
首次申请自动签注，续签需本人办理，提供必要材料
建议选择网上办理或自助签注机办理，这样更加便捷且节省时间。如果选择现场办理，请确保提前准备好所有必需的材料，并注意办理时限。