养殖苍蝇留种的方法主要包括以下几个步骤：
蛆粪分离
蛆经5天养育即已老熟，除留种需化成蛹外，作饲料之蛆应收集利用。方法是采用“强光筛网法”或“缺氧法”逼其逃离食料进行分离。
鲜喂后余之蛆经烤干加工成蛆粉后即可代理鱼粉配制混合饲料。蛹种选留时，蛆化成蛹后用筛网进行蛹料分离，然后挑选个大饱满者留种。暂不用之蛹可放入冰箱内存放15天，冬季应将种蛹移入室内保温越冬。
蝇笼制作
用粗铁丝或竹木条做成高宽各50公分正方形蝇笼，外用塑料纱网罩住，其中一面留一个直径20公分的操作园孔，孔口缝按30公分长的布筒，平时扎紧。
笼架上立体放三层蝇笼，每笼可养种蝇1-1.5万只。
环境控制
确保繁殖场所有适宜的光照和温度条件，一般建议在25-30摄氏度之间。
避免其他昆虫或动物进入繁殖场所，并且避免与其他苍蝇接触以防止交叉感染。
食物与水
提供富含蛋白质和脂肪等营养物质的食物和干净清洁的饮水给苍蝇。
观察与监测
定期观察苍蝇生长发育情况并及时采取相应措施来提高成功率。
种蝇淘汰
实行全进全出养殖法，即将20日龄之种蝇全部处死，然后加工成蝇粉备用，蝇笼经消毒等处理后再用于培育下一批新种蝇。
通过以上步骤，可以有效筛选出优质的种蝇，并进行循环养殖，从而提高养殖效率和繁殖率。