离婚时，有两个孩子的抚养权问题通常需要根据具体情况来决定。以下是几个主要考虑因素：
协商一致
父母双方可以协商决定每个孩子的抚养权归属。
法律判决
如果协商不成，法院会根据孩子的年龄、性别、健康状况、生活习惯以及父母双方的抚养能力和条件等因素，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。
对于不满两周岁的子女，一般由母亲直接抚养为原则。
对于两周岁到八周岁之间的子女，法院会综合考虑上述因素来确定抚养权归属。
对于八周岁以上的子女，法院会尊重其真实意愿，但也会综合考虑其他因素。
特殊情况
如果一方存在不适合抚养孩子的情形，如患有严重疾病、有不良嗜好等，法院可能会将抚养权判给另一方。
如果父母双方的经济能力、身体状况等条件悬殊，法院可能会作出相应的调整。
孩子的意愿
对于八周岁以上的孩子，法院在判决时会考虑孩子的意愿，但不是唯一决定因素。
变更抚养权
如果抚养子女的一方存在虐待或其他危害孩子成长的情形，或者不再具有抚养子女的能力，另一方可以向法院起诉变更抚养权。
以上信息基于《中华人民共和国民法典》的相关规定。具体情况可能因案件而异，建议咨询专业律师获取具体指导