养殖企业在查账时，可以采用以下几种方法：
账户核对法
到企业的开户银行调查其开户情况，掌握其全部银行账户，并与提供的相关资料进行对比，以发现账外经营的情形。
将企业银行存款日记账与银行对账单进行逐笔核对，重点关注银行对账单上有业务记录而单位银行存款日记账无记录的经济业务事项。
将销售收入明细账与库存商品明细账中的相关记录进行核对，检查是否存在库存商品明细账有减少记录而销售明细账无记录的现象，以调查是否有隐匿收入的行为。
将生产车间的生产记录与库存商品入库单核对，检查有无将库存商品少入库或不入库而进行账外经营的现象。
投入产出核对分析法
在掌握企业生产能力的基础上，根据生产部门的消耗与产出配比，计算出产品的产量。
按企业产销比率计算出企业应实现的收入，并与企业实际销售收入进行对比，若相差较大，可能存在隐匿收入不入账的问题。
将企业生产部门的生产统计日报、月报和年报中反映的产品产量与会计账表所核算的产品入库产量进行核对，若不相符，可能存在产品不入账、账外销售的问题。
核对营销业务记录法
通过核对营销部门的业务记录，并与货运文件、相关销售发票、会计记录相比较，检查是否存在现货交易或销售收入不入账、账外设账、偷逃税款等问题。
突击盘点法
对库存资金及存货进行突击检查，从中查找漏洞。
法院查询
可以请法院协助查询公司的账目及其他债务，适用于公司处于正常经营的情况。
财务报告
公司的财务报告一般都会对公司的日常账务有一个完整的记录，是查账的重要依据。
银行查询
在银行查询只能得到公司的贷款账目，范围有限。
税务机关查询
携带相关证件前往当地的税务机关可以查询到该公司的欠税情况。
顺查法与逆查法
顺查法：从原始凭证开始，逐步核对记账凭证、日记账、明细账和总账，最后与财务报表相核对。适用于业务量少的小型企业和行政单位。
逆查法：从财务报表开始，逐步追查至相关的日记账、明细账和总账，最后核对记账凭证和原始凭证。适用于业务量大的企业。
聘请外部专业机构
如果职工怀疑公司的账目有问题，可以找大一点的会计师事务所协助调查，但需要有审查公司账目的权利，例如是公司监事或董事会成员，或者是公司股东。
建议养殖企业在查账时，根据自身的规模和业务量选择合适的方法，并可结合多种方法进行综合调查，以确保账目的真实性和准确性。