房产证违约金的计算方式主要依据合同约定，具体计算方式如下：
一般情况
如果合同中有明确约定违约金的数额，则按照合同约定的数额进行赔偿。
如果合同中没有约定违约金数额，或者约定的违约金数额低于实际损失，那么违约金的数额可以按照实际损失的30%来计算。
具体情形
逾期交房的违约金：按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。
逾期付款的违约金：按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
逾期办理产权登记的违约金：按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
补充条款
如果合同中有关于违约金的特别约定，如违约金上限、计算方式等，则按照合同约定执行。
法律规定
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
建议
在签订房屋买卖合同时，建议明确约定违约金的数额或计算方式，以避免后续纠纷。如果合同中没有明确约定，可以考虑参照相关法律法规和司法解释的规定来确定违约金的数额。在发生违约时，双方应尽量协商解决，如无法达成一致，可以寻求法律途径解决。