针对违章养殖的处理方法，可以总结如下：
向土地管理部门举报
对于养殖场违法占地的情况，最有效的方法是向所在地的土地管理机关举报。土地管理机关将进行调查核实，若发现违法事实，将有权责令养殖场停止违法行为，拆除非法建筑，恢复土地原貌，并依法进行罚款。
环保部门投诉
若养殖场在禁养区内养殖或存在污染问题，可以向当地环保局举报。环保局将依法调查处理，并可能采取罚款、责令限期整改、拆除或关闭等措施。
农业部门管理
对于违反种畜禽生产经营许可证的行为，县级以上人民政府畜牧兽医行政主管部门将责令停止违法行为，没收违法所得，并进行罚款。情节严重的，还可能吊销种畜禽生产经营许可证。
城乡规划部门处理
若养殖场的建筑违反城乡规划要求，可能会被要求拆除违法建筑，以维护城乡规划的合法性和公共利益。
直接联系环保局
公众可以直接联系当地环保局，反映违规养殖带来的污染问题。环保局将依法调查处理，并可能采取罚款、责令限期治理污染等措施。
拨打环保热线
公众还可以通过拨打12369环保热线进行投诉，该热线提供24小时不间断的环保咨询服务和投诉受理。
法律途径
若违法行为严重，可能涉及刑事责任，根据《中华人民共和国刑法》第三百三十八条，严重污染环境的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
综上所述，处理违章养殖需根据具体情况采取相应措施，包括向相关部门举报、投诉，以及依法承担相应的法律责任。建议养殖场严格遵守相关法律法规，合法合规经营，以避免不必要的法律风险。