在离婚案件中，有两个孩子的抚养权判决主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下是具体的判决原则和处理方式：
两周岁以下的子女
原则上随母亲生活，除非母亲存在以下情形：患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病、有抚养条件不尽抚养义务、因其他原因孩子确无法随母方生活。
两周岁到八周岁之间的子女
法院会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育背景、与孩子的感情联系等因素，以判断哪一方更有利于孩子的成长。如果一方的抚养条件明显优于另一方，或者一方存在不适合抚养孩子的情况，那么两个孩子的抚养权可能会判归条件更好的一方。
八周岁以上的子女
法院会尊重孩子的真实意愿。如果孩子明确表示愿意跟随某一方生活，法院通常会尊重孩子的选择。
双方协商一致
如果夫妻双方能够就两个孩子的抚养权问题协商一致，可以按照双方的约定进行处理，例如两个孩子都由一方抚养，另一方支付抚养费；或者两个孩子分别由父母双方抚养，各自承担相应的抚养责任。
特殊情况
如果两个孩子均在两周岁以下或是双胞胎，则会加大判由一人抚养的概率。
如果一方已经做了绝育手术或者因其他原因丧失生育能力，或者孩子随其生活时间较长、改变生活环境对孩子健康成长明显不利，法院可能会优先考虑这一方的抚养权。
建议
提前准备：在离婚诉讼前，父母应充分了解相关法律法规，收集有利于自己的证据，如经济状况、居住环境、孩子的生活习惯等。
协商优先：如果可能，尽量通过协商达成一致，以减少诉讼的时间和精力消耗。
专业咨询：在诉讼过程中，可以寻求专业律师的帮助，以获得更具体和专业的法律建议。
通过以上原则和方式，法院会尽力做出最有利于未成年子女的判决，确保孩子的身心健康和合法权益得到保障。