商铺租金税费的计算方式如下：
房产税
税率：4%或12%。
计算方式：依据房产租金收入计算缴纳，具体税率根据地方政府规定。
增值税
税率：3%至5%。
计算方式：按照租赁金额的3%至5%计算，具体税率根据纳税人身份和当地政策。
城市维护建设税
税率：7%。
计算方式：根据增值税额计算，具体税率根据纳税人所在地不同适用7%、5%、1%三档税率。
教育费附加
税率：3%。
计算方式：根据增值税额计算，具体税率3%。
印花税
税率：0.01%。
计算方式：按租赁金额的0.01%计算，一次性缴纳。
个人所得税
税率：20%。
计算方式：按租赁金额的20%计算，具体扣除维修费用和其他合理费用。
建议
咨询当地税务机关：不同地区的税率和征收方法可能存在差异，建议在签订商铺合同前咨询当地税务机关或实际代征网点的工作人员，以确保准确了解和遵守相关税费规定。
保留相关凭证：在计算和缴纳商铺租金税费时，务必保留好所有相关凭证，如租赁合同、维修费用发票等，以便税务机关审核。