员工在病假期间的年终奖扣除主要依据用人单位的自主规定以及劳动合同的相关约定。具体扣除方式如下：
用人单位自主确定：
员工病假年终奖金的发放由用人单位自主确定，这包括奖金的发放标准、金额以及扣除方式等。
病假工资支付：
病假期间，用人单位应按照国家规定支付病假工资。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
绩效奖金扣除：
病假绩效奖金的扣除需要根据公司的制度和劳动合同的约定进行。扣除标准、计算方法以及扣除期限等可以由公司根据实际情况制定。
与考核结果相关：
年终奖金通常与员工的考核结果相关，病假期间由于员工无法正常履行职能义务，其年终奖金可能会受到影响，具体扣除比例和方式需参照公司规章制度和劳动合同约定。
法律依据：
根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。同时，《工资支付暂行规定》第十一条规定了劳动者依法享受的假期及工资支付标准，但对于年终奖的扣除尚无明确法律规定，因此需参照用人单位的内部规定。
综上所述，病假期间年终奖的扣除具体操作需参照用人单位的规章制度和劳动合同的约定，不同单位可能会有不同的处理方式。建议员工在病假前与公司充分沟通，了解相关扣除政策，以便做好财务规划。