从北京飞往日本的时间主要取决于航班的具体路线和航空公司。通常情况下，从北京到日本的直飞航班大约需要 3小时到4小时。
例如，中国东方航空的MU525航班从北京出发，到达东京需要3小时20分钟；中国南方航空的CZ647航班从北京出发，到达东京需要4小时15分钟。
此外，由于北京和东京之间存在1小时的时差，因此实际到达时间可能会因为时差而缩短或延长。例如，如果北京10:45起飞，到达东京为北京时间14:45，但实际到达时间为东京时间13:45。
建议您根据具体的航班时间和航空公司选择合适的航班，以确保行程的顺利进行。