养殖南京柠檬树需要注意以下几个方面：
肥水管理
根据天气情况确定施肥时间，根据土块肥力情况和树势来确定是否增减施肥量。及时灌水，遇梅雨地势低洼的果园注意排水。
在幼树定植后，第1-2年施用氮肥作追肥，促进柠檬树冠的形成，随后要控制氮肥，增加钙镁磷复合肥的施用。秋季柠檬树施有机肥作基肥，结合生长期根外追肥，加强树体营养，促进花芽形成及开。
修剪控梢
及时抹除夏梢，避免梢与果实争养分，减少二次生理落果。剪除衰弱枝、病虫枝、密生枝、徒长枝以保证树体内部通风透光。对一些挂果少的老弱树夏至前适度重剪并加强肥水管理。并及时用愈伤防腐膜涂抹剪口，防病菌侵入树体内，保护伤口健康愈合。
促花促果
应用促花王控梢促花新技术，环割涂抹促花王2号，致使果树生长机能向生殖机能转化，控梢，促花。在柠檬开花前、幼果期、果实膨大期各喷1次壮果蒂灵，加大输导管营养输送量，提高果实膨大活力，自我调节营养匹配，保花、保果、壮果、防落果。
病虫害防治
柠檬树的常见病害有炭疽病、流胶病、褐斑病、叶斑病等，一般可以使用多菌灵搭配阿维菌素喷施即可。家庭种植的过程中，主要是保持通风性，出现病害的情况一般比较少。
换盆换土
盆栽柠檬树在春季3月至4月必须翻盆换土。若花盆太小，可换适应的花盆，若花盆还适合，可原盆换上新泥土，换盆换土时应施底肥。
光照与温度
柠檬树需要充足的光照，最好养在室外光线充足处，也可摆放在室内光线明亮处。柠檬树较怕冷，最佳的生长温度在18度到28度之间，冬天最好入室养护。
浇水
柠檬树喜欢温暖湿润的环境。春夏秋是生长季节，需要的水分多一些。夏季浇水要勤一点，注意观察盆土，盆土发干立即浇透水，切忌浇半截水。忌盆内积水。冬季要注意少浇水，保持盆土湿润即可。
施肥
肥料就是植物的“营养餐”。春季和秋季可以1个月施一次腐熟的有机肥料。1年内施3次稀释后的磷酸二氢钾。冬季和炎热的夏天不要施肥。
通过以上几个方面的细致管理，可以有效促进南京柠檬树的生长和结果。