公司可以通过以下几种方式查询员工的学历：
要求员工提供学历证明
员工可以提供学位证书、毕业证书等原件或复印件。
联系学校查询
公司可以直接联系员工毕业的学校，核实员工的学历信息。
使用第三方查询工具
公司可以利用第三方背景调查公司或学历认证机构的服务，通过它们与学校或教育机构的联系来核实员工的学历。
学信网查询
公司可以登录学信网，进入学历查询部分，选择单位会员查询，输入员工姓名和证书编号来查询。
联系教育部相关部门
在某些情况下，公司可以直接联系教育部相关部门查询学历信息。
社会认可的学历认证
公司可以要求员工通过社会认可的学历认证机构进行认证。
以上方法可以帮助公司验证员工提供的学历信息的真实性。需要注意的是，对于不同学历层次，查询的方式可能有所不同，例如大专以下学历可能不会在学信网上公开查询，而是直接查看毕业证书。