从熊本到东京的交通方式主要有以下几种：
飞机
从熊本机场到东京羽田机场的直线距离约为888公里，乘飞机大约需要1小时15分钟。
新干线
从熊本站到新大阪站的新干线“さくら”号约需3小时10分钟，再从新大阪站到东京站的新干线“のぞみ”号约需2小时15分钟，加上在新大阪站内转换等候时间（以30分钟计），全程大约需要6个小时左右。
汽车
从熊本一天不间断地开小车，直线距离大约1188公里，需要14小时24分钟左右才能到达东京。
建议
飞机：适合时间紧迫且希望快速到达东京的旅客。
新干线：适合追求速度和舒适度，且愿意在新大阪站转乘的旅客。
汽车：适合自驾游，但需要预留足够的行车时间。
根据以上信息，乘坐新干线从熊本到东京是最快捷的方式，全程大约需要6小时20分钟左右。如果时间允许，乘坐飞机会更快速便捷。