护照和港澳通行证的主要区别包括：
目的地不同
护照：用于前往第三国家或地区。
港澳通行证：专门用于中国内地居民前往香港和澳门地区。
办理性质不同
护照：是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件。
港澳通行证：是签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区的旅行证件。
签证或签注的办理机构不同
护照签证：通常由目的国的中国大使馆或领事馆签发。
港澳通行证签注：由公安出入境管理部门办理。
有效期不同
护照：成人护照有效期一般为10年，未成年人护照有效期为5年。
港澳通行证签注：签注有效期最长为1年，过期后需重新办理。
作用不同
护照：用于出国时的身份和国籍证明。
港澳通行证：用于从中国大陆出境前往香港或澳门。
费用不同
护照：初次申领费用约200元，补发约400元/本。
港澳通行证：费用约100元，签注费用根据签注类型不同而有所变化。
需要注意的是，虽然护照可用于前往香港和澳门，但港澳通行证是专门为内地居民往来这两个特别行政区设计的证件，具有更具体的适用范围和规定。